Episode 1
ナイトオウル / THE NIGHT OWL
ウージンの脱獄から半年後、ニューヨークのマンハッタンで爆発事件が起きる。そんな時、アラムがレッドらしき人物をたまたま現場付近で見かけ、ワシントンDCの特別捜査チームに連絡する。一方、爆発現場に駆けつけたチームが建物内を捜査していると、元ブラックリスターだった人物の遺体を発見する。特別捜査チームは巨大な陰謀の存在を探っていくことになる。
Episode 2
捕鯨士 / THE WHALER (NO. 165)
特別捜査チームは、元メンバーで殉職したミーラ・マリクの娘であるシーヤ・マリクを新たにメンバーに迎える。ウージンの動きを追っていたレッドは、彼が世界各地のカジノに現れていることをつかむ。次はシドニーで開かれるポーカー大会に現れるという情報を得て、レスラーとシーヤが大会に潜入する。一方、アグネスが学校でいじめを受けていることが分かる。この問題を解決するために、レッドとクーパーは正反対のアプローチをする。
Episode 3
フォー・ガンズ / THE FOUR GUNS (NO. 199)
パナベイカーの選挙活動中に、何者かが発砲し、シークレットサービスが被弾する。それにもかかわらず、選挙活動を続けると言い張るパナベイカー。一方、クーパーをニューヨークに呼びつけたレッドは、とあるスリの集団が関与していると言う。特別捜査チームが捜査を続ける中、レッドは獄中にいる古い友人に極めて危険な贈り物を送るのだった。
Episode 4
ハイエナ / THE HYENA (NO. 200)
富豪のボストウィックが巨額の財産を残して亡くなった。相続人は3人の娘たちだが、遺産の所在が分からない。娘たちが協力して遺産を見つけるようにと、手掛かりだけを残してボストウィックが隠したからだ。ボストウィックと親交のあったレッドとヴェスコも、彼が残した手掛かりを頼りに遺産の在りかを探す。だが“ハイエナ”と呼ばれる悪党も、その遺産を狙って動いていた。
Episode 5
ドッカリー事件 / THE DOCKERY AFFAIR
判事のドッカリーが自宅で殺されているのが発見される。判事につきまとっていたギャングのボスの息子が容疑者と断定されるが、腑に落ちないハービーはレッドに相談する。特別捜査チームが再捜査していくうちに、過去の未解決の事件が浮き彫りになる。一方レッドがFBIに協力していることが明らかになり、彼とチームとの関係が不安定になっていく。
Episode 6
ドクター・レイケン・ペリロス(続編)/ DR. LAKEN PERILLOS (NO. 70): CONCLUSION
ウージンは服役中のレイケン・ペリロスを脱獄させて、レッドを倒すための仲間に加える。デンベを拉致したウージンは、拷問によってレッドと特別捜査チームの情報を聞き出そうとする。その拷問を担当するのはペリロスだ。彼女は過去にも、デンベを拷問して情報を聞き出そうとしたが、失敗していた。今度こそはと、ペリロスの激烈な拷問がデンベを襲う。
Episode 7
フリーランサー パート2# / THE FREELANCER (NO. 145): PT. 2
フェリーが沈没し、多数の犠牲者が出る。フリーランサーの仕業だった。現場でフリーランサーが捨てた手袋を分析するため、特別捜査チームはハービーを呼ぶ。ハービーは使った薬品をすぐに特定し、他にも捜査に役立つ指摘をする。捜査を続ける中で、事件が起こるたびに現場に駆けつけるカメラマンの存在が明らかになる。一方レスラーは個人的に大きな成長を遂げる。
Episode 8
トロール・ファーマー パート2# / THE TROLL FARMER (NO. 38): PT. 2
銃を持った男が病院に立てこもるという事件がネットに流れる。臨場感あふれる現場の様子もアップされるが、それはフェイクであり、“トロール・ファーマー”の仕業だった。トロール・ファーマーの背後にいるのはウージンで、彼はNSAのマルウェアプログラムである“ヘックス・ルート”を奪おうとしていた。ウージンはFBIのコンピュータに侵入し、レッドとFBIに関する情報を盗み出そうとしていたのだ。
Episode 9
トロール・ファーマー パート3# / THE TROLL FARMER (NO. 38): PT. 3
押収したヘックス・ルートのケースをNSAが調べたところ、中身のプログラムは抜かれている状態だった。パナベイカーに尋問を受ける“トロール・ファーマー”こと、ボー・チャン。プログラムを取り戻さないと、CIAの秘密施設で拷問を受けることになると脅される。その裏でレッドは敵を一網打尽にするために、ある大胆な策略を特別捜査チームに提案していたのだった。
Episode 10
ポストマン / THE POSTMAN (NO. 173)
重警備の刑務所内で、ある囚人が銃を乱射し、他の囚人たちを死傷させる事件が起きる。犯人は“ポストマン”と呼ばれる人物から銃を調達していた。ポストマンは刑務所専門の密輸業者で、本名はローレンス・ネルソン。その名前をレッドから聞いた時、クーパーの脳裏に遠い過去の記憶がよみがえる。クーパーはネルソンと接点があったのだ。一方、レスラーは断薬会を通じてプリチャードと親しくなっていく。
Episode 11
帽子の男 / THE MAN IN THE HAT
フィラデルフィアのコンビニで若者が大麻タバコの紹介を生配信していた。ちょうどその時、銃を持った男が店内に立てこもる事件が発生する。その動画にレッドらしき人物が映っているとデンベがクーパーに報告。レスラーとデンベが現場に駆けつけるが…。一方ワシントンDCのクーパーは、パナベイカーにレッドとの関係を説明するよう迫られていた。また、シーヤは母親の過去を調べていた。
Episode 12
マイケル・アバーニ医師 / DR. MICHAEL ABANI (NO. 198)
デンベはアイッサから突然の連絡を受ける。イエメンで医療活動をしている彼女の恋人がテロリストだと疑われ、軍に連行されたというのだ。すぐにでも処刑される恐れがあり、アイッサはデンベに助けを求める。アイッサはイザベラの母であり、かつてデンベが愛した女性だった。一方、クーパーはパナベイカーからの情報で、アーサー・ハドソン下院議員が特別捜査チームを嗅ぎ回っていることを知る。
Episode 13
シチリアのエラー切手 / THE SICILIAN ERROR OF COLOR
ニューヨークでレッドの見張りをするシーヤだったが、レッドにバレて彼の住みかに招かれる。レッドは自由に世界中を旅しており、自分の用事についてくるようシーヤに言う。レッドに同行する過程でシーヤは自分の母親の過去について知るのだった。一方ハドソン下院議員はFBIの特別捜査チームになぜ多額の予算が使われているのかを明らかにするため、ある有力議員に接触する。
Episode 14
置き去りの花嫁 / THE NOWHERE BRIDE (NO. 192)
レッドからの情報が途絶えているため、FBIの特別捜査チームはやることがない。そこでクーパーは、妻のシャーリーンから聞いた事件を捜査する。アメリカ人と結婚し、ケニアから渡米したばかりのドゥニは幸せな日々を送っていた。しかしある夜、彼女が帰宅すると、部屋が荒らされていて夫が消えていたのだ。一方シーヤは、母親のことをもっと知るために、関係者を訪ねて話を聞くことにする。
Episode 15
ハットトリック / THE HAT TRICK
ハドソン下院議員に特別捜査チームの実力を示すため、レッドはブラックリストの人物として3人の容疑者をクーパーに渡す。一人は不妊治療クリニックの受精卵を全てダメにしたハッカー、損害賠償の専門家で、顧客から騙し取った賠償金を犯罪に出資する弁護士、そして病院を渡り歩き、苦しむ患者を"救う"と称して証拠を残さず殺す、"慈愛の天使"と呼ばれるブラックリスターの3名だった。一方レスラーは薬物問題を抱えるプリチャードを気にかけ、親身になって彼にアドバイスしていた。
Episode 16
ブレア・フォスター / BLAIR FOSTER (NO. 39)
内部告発をしようとしていた大手企業の社員が、自動車事故を起こす。レッドによれば、ブレア・フォスターが絡んでいるらしい。フォスターは弁護士だが、フィクサーとして様々な犯罪をもみ消していたのだ。一方ハドソン下院議員は、特別捜査チームに関する記録の開示請求を行う。しかし記録はレッドが改ざんしており、裁判所が開示命令を出せば、それが発覚してしまう。クーパーとチームは窮地に陥る。
Episode 17
モルガナ・ロジスティクス / THE MORGANA LOGISTICS CORPORATION (NO. 167)
クーパーはレッドの指示通り貨物船オーバージーン号を調べていた。積み荷目録に怪しい点はなかったが、レッドによると1万1000個のコンテナの中に目録と異なるものが2つ隠されているということだった。一方ハドソン下院議員は、元同僚で現FBI捜査官の男を仲間に引き入れる。議員の追及はどんどんエスカレートしていく。
Episode 18
ヨモギ / WORMWOOD (NO. 182)
サンドバル家とモンターニョ家は、長いこと対立関係にあった。それを打開するために和平会談が開かれ、仲介役としてレッドも出席する。しかし会談が行われる部屋で、次々と死者が出る。レッドがいつ次の犠牲者となるか分からない状況で、クーパーたちは事件の真相を探っていく。一方ハドソン下院議員は、レスラーと親しいプリチャードに目をつけ、自分の味方に引き込もうとする。
Episode 19
417号室 / ROOM 417
レッドが早朝から特別捜査チームのメンバーをたたき起こし、重要な案件を告げる。彼によると機密性の高い空軍の報告書、フリードマン・レポートが盗まれるということだった。捜査を進める中で、国の中枢である議事堂へ足を踏み入れるチームのメンバーたち。そんな中、ハドソン下院議員は、チームの実体を暴くため、プリチャードを利用していた。
Episode 20
アーサー・ハドソン / ARTHUR HUDSON
クーパーはパナベイカーと共に、司法長官に呼び出される。その場には、アーサー・ハドソン下院議員とニクソンFBI捜査官も同席していた。レッドとの共謀を疑われたクーパーは、苦しい立場に陥る。一方レッドは、親しくしていた仕事仲間の元を訪ねて回っていた。そしてデンベからクーパーの窮地を聞くと、ハッキングによって司法長官室のモニターに乱入する。
Episode 21
レイモンド・レディントン パート1 / RAYMOND REDDINGTON (NO. 00): PART ONE
レッドはモスクにいるデンベに連絡し、“将来を棒に振るな”と言うが、デンベは“あなたを必ず逮捕する”と伝える。ハドソン下院議員の執拗な追及は続き、特別捜査チームもレッドの行方を追っていた。しかしレッドは彼らの目をかいくぐり、一歩も二歩も先を行くのだった。特別捜査チームは、果たしてレッドの次の動きを読むことができるのだろうか。
Episode 22
レイモンド・レディントン 穏やかな眠り / RAYMOND REDDINGTON (NO. 00): GOOD NIGHT
ニクソン率いるFBIのチームは、執拗にレッドを追う。そしてニクソンは私情から、ひそかにレッドの命を狙っていた。一方クーパーたちも、特別捜査チームの存続を懸けて、レッドを追わざるを得なくなる。追う者と追われる者が死力を尽くし、駆け引きと攻防が続く。そしてその果てに、平原を歩くレッドの姿があったー。