幼くして両親を失ったピーターは、大学進学と同級生のメリー・ジェーンへの恋に悩む普通の高校３年生。だがある日、遺伝子を組み替えた特殊なクモに偶然噛まれたことから、超人的な能力を身につける。愛する者たちを守るために、ヒーローとなる宿命を背負ったピーター＝スパイダーマンの戦いが今、始まる！

グリーン・ゴブリンとの激しい死闘から２年。大学生になったピーターは、アルバイトと授業に追われながら正義のために闘い、多忙な日々を過ごしていた。スパイダーマンであることでMJとの恋や親友ハリーとの友情に悩み苦しみながらも宿命を受け入れるピーター。そんな彼の前に新たな敵“ドック・オク”が立ちはだかる。前作をしのぎ歴史的興行記録を叩き出した史上最強のアクション・エンタテインメント。

ブラック・スパイダーマンとなったピーターは、その黒いスーツがもたらす新たなパワーに酔いしれ、怒りを制御することができない。彼に何が起こったのか---?慕っていた叔父を殺した犯人への復讐。スパイダーマンを父の仇と信じ込む親友ハリーとの決闘。未来を誓い合った恋人メリー・ジェーンとの心のすれ違い。そこに現れるグウェンとの微妙な恋愛関係。悲しき運命の連鎖が、彼を究極の戦いへと導く。さらに新たな脅威ヴェノムがスパイダーマンに襲いかかる!戦いは、ニュー・ゴブリン、サンドマンを巻き込み、熾烈さを増していく・・・・。

ピーター・パーカーは、ちょっとサエない高校生。正義感は強いが、女子にはモテない。両親は彼が幼いときに謎の失踪をとげ、以来ベンとメイの伯父夫婦に育てられてきた。ある日ピーターは父の消息を探るため、オズコープ社で遺伝子を研究するコナーズ博士を訪ね、実験中の蜘蛛にかまれてしまう。翌日、ピーターの人生は激変する。蜘蛛のように自由自在に動き回れるパワーとスピード、超感覚で危険を感知する“スパイダーセンス”を身につけたのだ。ピーターはその能力で悪と闘い、“スパイダーマン”と呼ばれるスーパーヒーローとなる。

スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、ひとりの男性として恋人グウェンとの愛を育む、忙しくも充実した日々を送っていたピーター・パーカー。しかし、彼の旧友で巨大企業オズコープ社の御曹司であるハリー・オズボーンが街に戻ってきたことから、ピーターの生活は少しずつ狂い始める。一方、オズコープ社に勤める冴えない電気技師マックスは、感電事故に巻き込まれたことで、突如電撃を発する超人・エレクトロに変貌してしまう…！平凡な青年であることと、スパイダーマンとしての大いなる責任の間で葛藤してきたピーターに、更なる試練が襲い掛かる。

ベルリンでのアベンジャーズの戦いに参加し、大興奮していたスパイダーマン＝ピーター・パーカー(トム・ホランド)。昼間は普通の高校生としてスクールライフをエンジョイし、放課後は憧れのアイアンマン=トニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr)から貰った特製スーツに身を包み、NYの街を救うべくパトロールの日々。ある日、スタークに恨みを抱く“バルチャー”（マイケル・キートン）が、巨大な翼を装着しNYを危機に陥れる。アベンジャーズに任せておけというスタークの忠告も聞かず、ピーターは一人戦いに挑むが・・・。

ピーターは夏休みに、学校の友人たちとヨーロッパ旅行に出かける。しかしそこに待っていたのは、元S.H.I.E.L.D.長官であるニック・フューリーだった。
迫りくる新たな脅威を察したニックは、スパイダーマンの力を必要としていたのだ。目の前に立ちはだかる脅威に立ち向かう使命を、ニックは怖気づくスパイダーマンに託す。ヴェネチア、ベルリン、ロンドンといったヨーロッパ都市をはじめ、各国を危機に陥れるのは、“火”や“水”など自然の力を操るクリーチャーたち。
世界に脅威が迫る中、ニックはミステリオをピーターに引き合わせる。異次元から来たという彼もまた、ピーターと共に敵に立ち向かっていく。そしてこの戦いに、ソーやキャプテン・マーベルの力は借りられない。ピーター＝スパイダーマンはこの危機にどう立ち向かうのか――今、世界は彼に託される・・・！

ピーターがスパイダーマンだという記憶を世界から消すために、危険な呪文を唱えたドクター・ストレンジ。その結果、このユニバースに、ドック・オク、グリーン・ゴブリン、エレクトロ、サンドマン、リザードといった強敵たちを呼び寄せてしまう。マルチバースが現実のものとなってしまい、次々とスパイダーマンに襲い掛かるヴィランたち。その脅威は、恋人のMJ、親友のネッド、さらにはメイおばさんにまで。この世界を守り、愛する人達を守るために、最大の危機に晒されたピーターに突き付けられる＜選択＞とはー。

スパイダーマン、死す――
スパイダーマンことピーター・パーカーの突然の訃報により、ニューヨーク市民は悲しみに包まれる。13歳のマイルス・モラレスもその一人――彼こそがピーターの後を継ぐ“新生スパイダーマン”だが、その力を未だに上手くコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が起こる。その天地を揺るがす激しい衝撃により歪められた時空から集められたのは、スパイダー・グウェン、スパイダーマン・ノワール、スパイダー・ハム、そしてペニー・パーカーと彼女が操るパワードスーツ。彼らは全く別の次元＝ユニバースで活躍する様々なスパイダーマン達だった。

ピーター・パーカー亡きあと、スパイダーマンを継承した高校生マイルス。共に戦ったグウェンと再会した彼は、様々なバースから選び抜かれたスパイダーマンたちが集う、マルチバースの中心へと辿り着く。 
そこでマイルスが目にした未来。それは、愛する人と世界を同時には救えないという、かつてのスパイダーマンたちが受け入れてきた＜哀しき定め＞だった。それでも両方を守り抜くと固く誓ったマイルスだが、
その大きな決断が、やがてマルチバース全体を揺るがす最大の危機を引き起こす…。 
＜運命＞を変えようとするマイルスの前に立ちはだかる、無数のスパイダーマンたち。 
史上かつてない、スパイダーマン同士の戦いが始まる！